北京市第一五九中学前身为1920年创建的香山慈幼院女校，距今已有近百年历史，创始人有著名教育家熊希龄、陶行知和张雪门先生。1931年从香山搬迁到历代帝王庙，后更名为北京女三中，1972年统编为北京市第一五九中学。2003年为保护文物搬迁到金融街新校址。

学校倡导“开放、自主、互动”的活力教育，创建文明校园、书香校园和健康校园。引领自主，共同发展，重内涵式发展和精细化管理。探索教和学方式的转变，提倡“激发兴趣，设疑导学，合作互动”。为了学生发展搭台铺路，选择适合学生的教育。培养自信心，激发内驱力，提升学生的自我教育、自我管理和自主学习能力。

优良的校风得到社会广泛认可，学校获得首批北京市文明校园、北京市学习型先进单位、北京市体育传统学校、北京市艺术教育特色学校、全国群众体育先进单位、百姓身边好学校、北京师范大学师训基地和首都师范大学师训基地等荣誉称号。

学校重视学生全面发展，立足培养“基础扎实，习惯良好，人格健全，和谐发展”的中学生。每年考入示范高中人数达到40%以上，高考文理科本科率均达到100%。2014年文科赵冬梅同学以639分进入北京市前500名之列。2016年蔡惠宇同学，以优异成绩考入清华大学美术学院。

在学科教学方面，高中胡庆博同学获第八届中学生数理化学科能力展示化学学科创新实践能力一等奖；王晓同学获全国中学生生物学竞赛一等奖；张喆铭同学获第十一届全国青少年教育机器人奥林匹克竞赛二等奖；初三温静怡同学获西城区教育系统最美学生志愿者称号；初二刘紫宸同学被聘为“北京少年科学院小院士”。